Το Μουσείο της Αμφίπολης αποτελεί ένα πολύπλευρο σύνολο χώρων και ανθρώπινου δυναμικού με πολλές και διαφορετικές λειτουργίες, σε σχέση με την προστασία και την ανάδειξη των αρχαιοτήτων. Στην έκθεση του Μουσείου μπορεί κανείς να γνωρίσει την ιστορική πορεία της αρχαίας πόλης και της άμεσης περιοχή της. Στις αποθήκες και τα εργαστήριά του εξασφαλίζεται η φύλαξη και πραγματοποιείται η συντήρηση και η μελέτη των ευρημάτων που οι αρχαιολογικές ανασκαφές φέρνουν στο φως.
Στον προθάλαμο της έκθεσης, στο χώρο υποδοχής, εκτίθενται η ασημένια λειψανοθήκη και το χρυσό στεφάνι από φύλλα ελιάς που βρέθηκαν σε κιβωτιόσχημο τάφο, στο σημείο που είναι τώρα κτισμένο το Μουσείο.
Τα ευρήματα εκτίθενται κατά χρονολογική σειρά και περιλαμβάνουν τις εξής ενότητες:
α) Προϊστορικοί χρόνοι (από το Παγγαίο και το λόφο Κετήλ Τεπές) που δείχνουν την συνεχή παρουσία του ανθρώπου από τη Μέση Νεολιθική Εποχή μέχρι την Πρώιμη Εποχή Σιδήρου ( 5000 π.Χ. – 750π.Χ.),
β) Αρχαικοί χρόνοι (από το λόφο Καστά και από το νεκροταφείο της εποχής του Σιδήρου στην Αμφίπολη). Στο διάστημα αυτό αρχίζει η διείσδυση του ελληνικού πολιτισμού στη Θράκη, όπως μαρτυρούν τα ευρήματα, κυρίως κεραμεικής, σε τάφους.
γ) Κλασικοί και Ελληνιστικοί χρόνοι. Η ίδια η πόλη της Αμφίπολης ιδρύθηκε το 437 π.Χ. από τους Αθηναίους. Τα σημαντικότερα εκθέματα αυτής της περιόδου προέρχονται από τα ιερά αφιερωμένα σε τοπικούς θεούς (Νύμφη, μούσα Κλειώ, Ρήσσος. Στρυμών) και στο δωδεκάθεο (Αθηνά, Αφροδίτη, Άρτεμις) και σε ήρωες (Ηρακλής, Διόσκουροι). (από το αρχαίο γυμνάσιο, από το ελληνιστικό νεκροταφείο, το ελληνιστικό σπίτι, και από ανασκαφές στον αρχαιολογικό χώρο). Εκτός από τα κειμήλια από τα ιερά υπάρχουν πολλά εκθέματα που δείχνουν τη δημόσια και ιδιωτική ζωή στην Αμφίπολη (νομίσματα, αγγεία, γλυπτά, κοσμήματα, μικροτεχνία) Τα κτερίσματα από τις νεκροπόλεις δείχνουν τον πλούτο και τη κοινωνική θέση των νεκρών (αγγεία, ειδώλια, όπλα, κοσμήματα).
δ) Ρωμαϊκοί χρόνοι. Την περίοδο αυτή η ακμή της πόλης συνεχίζεται, όπως δείχνουν τα ψηφιδωτά από ρωμαικό σπίτι και από ανασκαφές στο νεκροταφείο της περιοχής, καθώς και έργα γλυπτικής, αγγειοπλαστικής και μικροτεχνίας.
ε) Παλαιοχριστιανικοί – βυζαντινοί χρόνοι. Με το τέλος του αρχαίου κόσμου (4ος αι. μ.Χ.) η έκταση της πόλης μειώνεται και με την εγκατάσταση των Σλάβων ουσιαστικά νεκρώνεται. Από την περίοδο αυτή εκτίθενται υπολείμματα πέντε παλαιοχριστιανικών βασιλικών με περίτεχνα ψηφιδωτά και από παρεκκλήσι που βρέθηκε σε χαμηλή θέση κοντά στη Νέα Αμφίπολη.